Các tàu thuyền cỡ trung đánh bắt xa bờ chiếm hơn 1/2 tổng sản lượng cá ở Nhật Bản. Mặt khác, đánh bắt sâu từ các tàu lớn chiếm phần còn lại trong tổng sản lượng đánh bắt trong nước. Một số hải sản đánh bắt được bao gồm cua, cá thu, cá ngừ, cá mòi, cá minh thái, cá hồi sauries, nghêu, cá hồi và mực cùng các loài hải sản khác. Câu cá nước ngọt ở Nhật Bản bao gồm các loài như cá hồi chấm, cá hồi. Các trang trại nuôi cá và trại sản xuất giống chiếm khoảng 30% ngành đánh bắt cá trong nước. Ở Nhật Bản, có khoảng 300 loài cá ở các con sông khác nhau trong nước và một số loài cá ở những con sông này bao gồm cá bống, cá bống tượng, cá trích và các loài nước ngọt khác như tôm càng, cua và tôm hùm.